Zaqatala Rayon Təhsil Şöbəsi, 01.01.1989 - cu ildən 01.04.1993- cü ilədək  Rayon Xalq Təhsil Şöbəsi kimi fəaliyyət göstərmişdir. 1993-cü 1 apreldən Rayon Təhsil Şöbəsi kimi fəaliyyət göstərir.

Hazırda RTŞ-nin tabeliyində 66 ümumi təhsil müəssisəsi və 5 məktəbdənkənar müəssisə vardır.